Naruto Gen apre i battenti il 2 dicembre 2004. Nato dall'unione di due siti ora non più esistenti (Naruto Temple e Naruto Spectres), il sito raccoglie subito un buon successo, grazie soprattutto alle traduzioni dei manga in italiano che produce.
Dopo poco, però, la PlanetMangaimpone di togliere le traduzioni dei manga che lo staff di NarutoGen aveva sul proprio sito, e così lo staff decide di dedicarsi soprattutto alle informazioni di Naruto e alla community.
Il forum ufficiale diventa lo Shin Forum, che aveva già un buon numero di utenti e che grazie a NarutoGen poteva ampliarsi considerevolmente.
la prima grafica del sito
Col passare del tempo il sito si stabilizza, ma la mancanza di tempo porta quasi tutti i membri dello staff ad abbandonarne la gestione. Rimane solo Akumac, che in un primo momento decide di chiudere il sito (settembre 2005), ma poi lo riapre e gli aggiornamenti, dapprima saltuari, diventano pian piano sempre più frequenti.
Nel frattempo il sito acquista sempre più fama, fino al "boom" di popolarità del settembre 2006, quando l'anime di Naruto approda su Italia1 e NarutoGen moltiplica i suoi visitatori in modo incredibile, raggiungendo una media di 4000 unici al giorno.
la versione 1.5
Il 15 ottobre 2006 il sito rinnova la sua grafica, con una versione 1.5 leggermente diversa e più funzionale. Col passare dei mesi arrivano nuovi collaboratori nello staff: nobunaga e t0nY, che fan crescere il sito costantemente. Cresce anche il forum che a fine agosto 2007 si rinnova con una nuova versione di Invision Power Board. Nel settembre del 2007 NarutoGen è il 300° sito più popolare in Italia secondo le statistiche di Alexa e riesce a sfiorare quota 15000 visitatori unici al giorno.