Nel Giappone sconvolto da un lungo periodo di guerre furono sempre piu' i nobili che si rivolgevano alle famiglie Ninja per essere aiutati nelle battaglie o per far compiere silenziose vendette. Grazie a ciò il potere politico dei clans si sviluppo' enormemente sino al punto che, attorno al 1467, fu lo stesso Shogun Yoshihira Ashikaga, il capo militare assoluto dell'impero, a richiedere il loro supporto. In questo modo intere provincie del Giappone finirono sotto l'influenza ninja. Con alti e bassi questa situazione si protrasse fino all'arrivo delle navi portoghesi e dei primi missionari gesuiti quando il famigerato generale Oda Nobunaga, che da un lato nutriva un profondo odio, alimentato dalla paura, verso le discipline interiori dei ninjutsu (ove ogni individuo è sacerdote di se stesso, senza intermediari tra il propro io e l'universo), e dall'altro era costretto a scontrarsi con il potere dei clan ninja nella sua scalata allo Shogunato, incoraggiò e protesse la religione cristiana per isolare il ninjitsu sul terreno culturale. Successivamente Nobunaga si decise a scendere in guerra aperta nel 1579 incaricando il figlio Katsuyori di assaltare, conquistare e distruggere la roccaforte Ninja di Iga. Nella battaglia di Teusho Iga no Ran le truppe di Katsuyori subirono una disastrosa disfatta per opera dei Ninja che dimostrarono in questa come in altre occasioni di essere eccellenti combattenti anche in campo aperto.
Umiliato e colmo di rabbia Nobunaga lanciò un potentissimo esercito contro la provincia di Iga nel 1581 ma l'anno successivo la scalata di Nobunaga si arrestava bruscamente contro la lama di un nemico.
Con l'avvento allo shogunato di Ieyasu Tokugawa (1582), favorito da un uso spregiudicato dei ninja, per l'Antica Arte della Notte si aprì un nuovo capitolo che la vide legarsi al potere centrale: i ninja si trasformarono in spie, poliziotti e repressori. Gradualmente persero per strada gli originali scopi di ricerca interiore di cui conservarono solo dei vuoti atteggiamenti senza piu' ricordare l'antica funzione, cosa questa che fece rapidamente decadere anche il loro livello tecnico, tanto e' vero che le due piu' importanti azioni che la storia ricordi furono dei fallimenti: nel 1637 il potere centrale tentò di usare l'antico contrasto tra ninja e cristianesimo lanciando i primi nella repressione di una rivolta di contadini convertiti nella zona di Nagasaki. Nessuno dei ninja riuscì in una impresa che, un tempo, non era una difficoltà, essendo tra le piu' comune ed abituali: penetrare nella fortezza del nemico ! Se ne andarono invece dopo aver rubacchiato le scorte di viveri dell'esercito che li aveva assoldati.